L’église St-Germain est l’ancienne église paroissiale de Porrentruy. Elle a été construite au début du XIIIe siècle à l’emplacement d’un édifice plus ancien. Par la suite, la construction des remparts autour de la ville a laissé l’église St-Germain hors les murs. Le bâtiment, agrandi vers l’ouest et réaménagé dans un style baroque au XVIIe siècle, a fait l’objet d’une restauration complète en 1958/61.
Le calvaire du mur nord du chœur provient de l’ancien oratoire qu’on appelait « Les Crucifix » et qui était situé au carrefour « Sur-les-Ponts », non loin de l’église St-Germain. Il date de la fin du XVIIe ou du début du XVIIIE siècle.
Le plafond de la nef a été reconstitué dans des formes de 1700 environ. Quant au sol, il est constitué en partie de dalles calcaires et de pierres tombales datant du XVIe au XVIIIe siècle.
Les peintures murales qui décorent les murs de la nef ont été découvertes lors de la restauration de 1960. Elles datent des années 1700 environ. On distingue sur le mur de l’arc triomphal des vestiges d’un Jugement dernier. Sur les murs nord et sud, les scènes sont entourées de grands encadrements à volutes. On reconnaît, côté nord, le Baptême dans le Jourdain, deux saints, l’Adoration des Mages ; sous la tribune, la Sainte Famille ; côté sud, Jésus guérissant un malade et la Résurrection.
Les fonts baptismaux, du milieu du XIVe siècle, sont ornés de remplages aveugles. Les deux statues au fond de l’église, Saint François-Xavier et Saint Louis de Gonzague, proviennent de l’église des Jésuites (vers 1680). Sur la tribune, du XIXe siècle, orgue de la Maison Kuhn, 1968.
Le cimetière St-Germain, étant devenu trop petit, a été abandonné en 1884. Parmi les nombreux monuments funéraires, essentiellement néo-classiques et néo-gothiques, on remarque ceux de plusieurs personnalités jurassiennes du XIXe siècle.